תגית: עצים אבולוציוניים

הציטוט בו משתמשים בריאתנים:

"לא עולה כל פילוגניה עקבית מתוך פילוגניות החלבון היחידניות הרבות שנוצרו עד כה. בכל נקודה בעץ האוניברסאלי ניתן למצוא חוסר התאמה ברמה הפילוגנית, החל משורשיו, דרך ההסתעפויות העיקריות בתוך ובין הקבוצות השונות, ועד להרכב של ההקבצות הראשיות עצמן"

בריאתנים מנסים לסמך בעזרת הציטוט הזה את הטענה שעץ החיים קרס. כלומר, שהנתונים מראים שאבולוציה של החיים לא היתה בצורת עץ מתפצל, כפי שטוענת האבולוציה. המקור שהם נותנים לציטוט הזה הוא מאמר שכתב קרל ווז ופורסם ב-1998 בכתב העת המדעי האמריקאי Proceedings of the National Academy of Sciences. הציטוט בהקשרו מופיע בהקדמה של המאמר. זה לא מאמר פשוט להבנה למי שלא בקי במושגים בסיסיים באבולוציה בפרט וביולוגיה בכלל, ואעשה את המיטב כדי שההקשר בו מופיע הציטוט הזה יהיה ברור גם למי שלא.

ווז עוסק במאמר הזה בטבעו של האב הקדמון המשותף לכל היצורים החיים. הוא מתחיל בסקירת מה שחשבו חוקרים בעבר על האב הקדמון הזה. לדבריו,

עץ החיים חסר השורש שיצא מהשוואת רצפי רנ"א ריבוזומליים [רצפי רנ"א שקל מאד להסיק מהם קרבה בין מינים] סיפק את ההצצה הראשונה אל האב הקדמון האולטימטיבי שלנו, אף על פי שזאת היתה הצצה לא ישירה. מה שהוא לא היה, מהישות המסתורית הזאת יצאו שלושה קבוצות שונות מאד של אורגניזמים – הארכיאה, הבקטריה והאיקריה – שכולם שיקפו את טבעו של האב הקדמון. עצים שהוסקו מכמה מולקולות אחרות שבזמנו ידעו את הרצפים שלהם איששו את החלוקה של החיים לשלושת הקבוצות הללו, ובאותו זמן איפיון ביוכימי שלהן העמיק עוד את היחודיות של כל קבוצה. עם זאת, מהעץ האוניברסלי הזה, אפשר רק להסיק שהאב הקדמון היה "חומר קדמון" שלא מוגדר היטב ממנו איכשהו יצאו [שלושת הקבוצות האמורות].

Woese, 1998, p. 6845

לאחר מכן ווז סוקר איך הצליחו לאפיין מעט יותר את טבעו של אותו "חומר קדמון" כך שהוא יהיה מוגדר מעט יותר טוב. מיד אחרי זה, כשהוא דן בדרך בה אפיינו יותר טוב את טבעו של האב הקדמון המשותף לכל היצורים החיים, מגיע הציטוט הבריאתני:

תמונה ברורה של האב הקדמון התחילה להופיע רק כשריצפו עוד רצפים משלושת הקבוצות הללו. הרצפים יכולים להיראות כמניחים "בשר" פנוטיפי על ה"שלד" הפילוגנטי של האב הקדמון [בפישוט גס מאד, הרצפים הללו הוסיפו עוד מידע על מה שהעץ הקדמון יפשר לגלות על טבעו של האב הקדמון הזה]. עם זאת, התברר שהמשימה הזאת לא פשוטה כלל. למעשה, נראה שהיא תדרוש את פירוק ה"שלד" [כלומר, זניחת מה שהתגלה על ידי שימוש בעץ החיים שפותח לפני שהיו זמינים יותר רצפים שמייצגים את הארכיאה, הבקטריה והאיקריה]. לא עלתה כל פילוגניה עקבית מתוך כל פילוגניות החלבון האינדיבידואליות שהופקו עד כה [כלומר, כשהשוו את הרצף של חלבונים בין אורגניזמים שונים ששייכים לארכיה, לבקטריה ולאוקריה גילו שחלבונים שונים לא תמיד מניבים עץ זהה].

בכל נקודה בעץ האוניברסאלי ניתן למצוא חוסר התאמה ברמה הפילוגנית, החל משורשיו, דרך ההסתעפויות העיקריות בתוך ובין הקבוצות השונות, ועד להרכב של ההקבצות הראשיות עצמן. עם זאת, אין חלופה עקבית לפילוגנזה שמבוססת על רנ"א ריבוזומלי.

Woese, 1998, p. 6845

בנקודה הזאת ווז נותן דוגמא נאה לשיחזור עצים אבולוציוניים שמניב עצים שונים כשמשתמשים בחלבונים שונים. לאחר מכן, מגיעים המילים הקריטיות הבאות:

חריגות מהעץ שהופק על ידי רנ"א ריבוזומלי תדירות מספיק וחזקות סטטיסטית כך שלא ניתן להתעלם מהן או לפטור אותן בטריוויאליות מסיבות מתודולוגיות. יחדיו, ההיסטוריות הסותרות של הגנים הללו כה מפותלות שהעברת גנים אופקית היא ההסבר המתקבל על הדעת היחיד להן.

Woese, 1998, p. 6845

זאת היתה פיסת מידע חשובה ביותר שלא מופיעה בציטוט הבריאתני. על פי ווז, יש רצפים מולקולריים ידועים שמפיקים עצים שונים מהעץ שמפיק רנ"א ריבוזומלי. עם זאת, לדעתו של ווז יש הסבר מתקבל על הדעת להן. מעבר גנים אופקי. מעבר גנים אופקי היא תופעה ידועה בביולוגיה, במיוחד בקרב מיקרו-אורגניזמים, יצורים שצריך מיקרוסקופ כדי לראות אותם. במעבר גנים "רגיל" (או "אנכי") החומר התורשתי עובר מהורה לצאצא. במעבר גנים אופקי החומר התורשתי עובר בין ממיקרו-אורגניזמים שלא קשורים אחד לשני "משפחתית". רצפי דנ"א יכולים לעבור כך אפילו בין מיקרו-אורגניזמים ממינים שונים לחלוטין. רצף דנ"א שבא ממין אחר ישקף את ההיסטוריה האבולוציונית של המין האחר, לא של המין בו הוא נמצא עכשיו. בגלל שיש הרבה העברת גנים אופקית במיקרו-אורגניזם, יש גם הרבה גנים שלא מציגים את אותו עץ אבולוציוני.

בקיצור, ווז נותן הסבר מאד ברור לגנים הללו. בגלל שזאת דעתו, לא מפתיע, שהוא כלל לא מתייחס אל העצים הללו כקושיה על תיאוריית האבולוציה. הסיבה היחידה שהוא בכלל מזכיר את הנושא היא כדי להסביר למה בעיניו העברת גנים אופקית מאד חשובה באבולוציה. זה מכין את הקוראים שלו למה שמחכה להם בהמשך המאמר. מעבר גנים אופקי משחק תפקיד מרכזי במודל שהוא מציע לאב הקדמון המשותף לכל החיים.

למה בריאתנים מביאים ציטוט שמדבר לכאורה על בניית עצים אבולוציוניים מתוך מאמר שלא באמת עוסק בנושא? למה הם לא הביאו ציטוט מתוך איזה מחקר או ספר שעוסק בבניית עצים אבולוציוניים? זאת ההתנהגות הרגילה שלהם. הם מחפשים בנרות בכל מיני מאמרים ציטוטים שיכולים לתרום למטרתם. כך לא מתנהג מישהו שחותר להגיע להבנת האמת.

לסיום, חשוב לזכור שווז כתב את המאמר הזה ב-1998. ב-15 השנים שעברו מאז הידע שלנו על העברת גנים אופקית במיקרו-אורגניזמים עלה פלאים. זה קרה תודות לפיענוח של עוד ועוד גנומים של מיקרו-אורגניזמים ופיתוח כלים שמאפשרים לנתח אותם היטב. המידע שנאסף מאז מבהיר שהאבולוציה של מיקרו-אורגניזמים היא לא בליל של המון מעברי גנים אופקיים, ממין אחד למשנהו. הנתונים מראים מגמה מאד דומיננטית של אבולוציה בעלת אופי מובהק של "עץ" (לדוגמא, Puigbò and Koonin, 2010). איסוף נתונים שיטתי וניתוח מדוקדק שלהם הובילו ביולוגים אבולוציוניים להבנה עמוקה יותר של ההיסטוריה האבולוציונית של החיים. בריאתנות – לא כל כך.

הבריאתנים הטועים

הרב יהושע ענבל, אתר "הידברות", "מדע או מיתוס – פרק א'  – הוכחה או הפרכה?", פורסם בתאריך לא ידוע. הטקסט הוסר מאתר "הידברות". עותק מאורכב זמין כאן.

הרון יחיא, "תרמית האבולוציה", פרק שלושה עשר: טיעונים אבולוציוניסטים והעובדות המדעיות.

הרון יחיא, "Darwinism Refuted", הפרק The Myth of Homology.

ג'ונתן וולס, "Icons of Evolution: Science or Myth? Why Much of What We Teach About Evolution Is Wrong", Regnery Publishing, 2002, p. 50.

מקורות

Puigbò, P., Wolf, Y. I., & Koonin, E. V. (2010). The Tree and Net Components of Prokaryote Evolution. Genome Biology and Evolution, 2, 745–756.

Woese, C. (1998). The universal ancestor. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(12), 6854–6859.

The unrooted universal phylogenetic tree that emerged from ribosomal RNA (rRNA) sequence comparisons provided the first glimpse of our ultimate ancestor, albeit an indirect one. Whatever it was, this cryptic entity had spawned three remarkably different primary groupings of organisms (domains)—the Archaea, the Bacteria, and the Eucarya–and these necessarily reflected the ancestor’s nature. Phylogenies derived from the few other molecules that then had been sequenced confirmed the three predicted groupings, and concurrent biochemical characterizations further developed their uniqueness. But, from this first universal tree, one could infer only that the ancestor was some ill-defined “urstoff” from which three primary lines of descent somehow arose.

[…]

A discrete picture of the ancestor began to emerge only when many more sequences representing all three phylogenetic domains became available. These sequences could be seen as putting phenotypic flesh on an ancestral phylogenetic skeleton. Yet that task has turned out to be anything but straightforward. Indeed, it would seem to require disarticulating the skeleton. No consistent organismal phylogeny has emerged from the many individual protein phylogenies so far produced.

Phylogenetic incongruities can be seen everywhere in the universal tree, from its root to the major branchings within and among the various taxa to the makeup of the primary groupings themselves. Yet there is no consistent alternative to the rRNA phylogeny, and that phylogeny is supported by a number of fundamental genes. […] Exceptions to the topology of the rRNA tree such as these are sufficiently frequent and statistically solid that they can be neither overlooked nor trivially dismissed on methodological grounds. Collectively, these conflicting gene histories are so convoluted that lateral gene transfer is their only reasonable explanation."

הציטוט בו משתמשים בריאתנים מנסה לסמך את הטענה שעץ החיים האבולוציוני לא נתמך על ידי המידע הגנטי שאספו מדענים. על פי הציטוט, שמיוחס לקלייר פרייזר:

"שום דבר אינו יכול להיות רחוק יותר מהאמת… במקום לספק תמיכה, ההשוואות הניבו גרסאות רבות של עץ החיים שחולקות על עץ הרנ"א הריבוזומלי (rRNA)  ואף עומדות בסתירה זו לזו."

המקור שניתן הוא מאמר של המיקרוביולוג קרל ווז שפורסם ב-1998 בכתב העת המדעי האמריקאי Proceedings of the National Academy of Sciences. הציטוט לא נמצא שם (Woese, 1998). הוא נמצא במאמר שפורסם בכתב העת המדעי Science ב-1999. המאמר הזה אינו מחקר, אלא כתבת מדע פופולרי שפורסמה במהדורה כחדשות מדע. בכל מהדורה של Science יש כאלו כתבות שנתבות על ידי כתבים שמועסקים על ידי כתב העת.

הציטוט בהקשרו אומר:

ביולוגים אבולוציוניים רבים סברו שהם יכולים בערך לראות את ההתחלה של שלושת ממלכות החיים: הבקטריה הרגילה; הארכיאה, שהם המיקרובים שידועים הכי טוב ככאלו שחיים בסביבות קשות; והאיקריות, שהם כל האורגניזמים, משמרים לבני אדם, שלתאים שלהם יש גרעין. השוואת גנים שמקודדים לרנ"א הריבוזומלי של מינים מיקרוביים – הרנ"א שמרכיב את הריבוזומים, המבנים התאיים בהם חלבונים מיוצרים – הצביעה על כך שבתחילת החיים הם היו בקטריה פרימטיבית. הבקטריות הללו התפצלו לשני ענפים, האחת הובילה לבקטריה המודרנית והשניה הניבה את הארכיאה, ולאחר מכן התפצלה שוב על מנת להפיק את האיקריוטים. כשרצפי דנ"א מלאים פתחו את הדרך להשוואת סוגים אחרים של גנים, חוקרים ציפו שהם יוסיפו פרטים לעץ הזה. אך "שום דבר לא יכול היה להיות רחוק יותר מהאמת", אומרת קלייר פרייזר, ראש המכון למחקר גנומי ברוקוויל, מרילנד.

במקום, ההשוואות [של רצפי הגנום המלאים] הניבו גרסאות רבות של עץ החיים ששונות מהעץ שהופק בעזרת רנ"א ריבוזומלי וגם סותרות אחת את השניה. […] התגובות של מיקרוביולוגים לבילבול הזה שונות כמו העצים […].

חלק מצביעים לראיות שהמיקרובים החליפו גנים בחופשיות לאורך ההיסטוריה האבולוציונית, [ו]אומרים שהגנים הללו הם מדריך שגוי להיסטוריה האבולוציונית. עם זאת, אחרים חושבים שהגיע הזמן לעקור את העץ הישן ומציעים מועמדים לעצים חדשים שמבוססים על תכונות של הגנום ומבנה התא. אחרים דואגים שהחלפת הגנים הפכה את עץ החיים לשיח קוצני מסובך שקשה להבחין בשושלות שלו.

הציטוט בהקשרו חושף כמה דברים. בתור התחלה, פרייזר אמרה רק את תחילת הציטוט. השאר נלקח מדבריה של כתבת כתב העת Science. חשוב מזה, המאמר מתמקד במיקרו-אורגניזמים והאבולוציה של שלושת ממלכות החיים הידועות, הארכיה, הבקטריה והאיקריה. המאמר סוקר את הקושיות שבשיחזור עץ החיים של המיקרו-אורגניזמים. הוא סוקר ממצאים שהתגלו באותה תקופה ואת הבעיות שהן יצרו לביולוגים אבולוציוניים בהבנת נושא ספציפי באבולוציה. כבר בתחילתו, הוא מציג כמה גישות שונות להסברת הממצאים הללו, אך הוא לא מכריע בינם. בבירור, היה מדובר בדיון פעיל בין מדענים ב-1999.

חשוב להדגיש שאף אחד מהמדענים שהיה מעורב מעורבים בדיון הזה לא מתווכח על העובדה שמיקרו-אורגניזמים התפתחו אבולוציונית. הדון סובב על פרט בתוך התיאוריה, על השאלה מה ההשלכות של הממצאים שאותרו על הדרך בה אנחנו מבינים שלב ספציפי באבולוציה תוך התמקדות במיקרו-אורגניזמים. זה יותר מכל מבהיר שהציטוט הזה בבירור מנוצל לרעה על ידי בריאתנים על ידי הוצאה מוחלטת שלו מהקשרו.

על זה עלי להוסיף עוד עובדה. המאמר הזה פורסם ב-1999. ב-15 השנים שעברו מאז, צברנו עוד הרבה ידע על החלפת גנים בין מיקרו-אורגניזמים. המידע שנאסף מאז מבהיר שעדיין רואים עץ אבולוציוני ברור כשבוחנים את האבולוציה שלהם (לדוגמא, Puigbò and Koonin, 2010). בריאתן עם הוגנות היה מנסה לסקור את מה שהתחדש בתחום מאז 1999. לבריאתנים לא אכפת מדברים כמו הוגנות. מבחינתם הספרות המדעית היא לא יותר ממכרה ציטוטים, מקום לאתר בו מישהו שאמר משהו שאפשר להוציא מהקשר כדי שיתמוך בדעתם.

הבריאתנים הטועים

הרב יהושע ענבל, אתר "הידברות", "מדע או מיתוס – פרק א'  – הוכחה או הפרכה?", פורסם בתאריך לא ידוע. הדף הוסר מאתר הידברות.

הרון יחיא, "תרמית האבולוציה", פרק שלושה עשר: טיעונים אבולוציוניסטים והעובדות המדעיות.

מקורות

Pennisi, E. (1999). Is It Time to Uproot the Tree of Life? Science, 284(5418), 1305–1307.

'Many evolutionary biologists had thought they could roughly see the beginnings of life's three kingdoms: the ordinary bacteria; the Archaea, which are microbes best known for living in extreme environments; and the eukaryotes, which are all organisms, from yeast to people, whose cells have distinct nuclei. Comparisons of the genes encoding microbial species' ribosomal RNAs—the RNAs that make up the ribosomes, the small cellular structures where proteins are synthesized—suggested that life began with some sort of primitive bacteria. These then diverged into two branches, one leading to the modern bacteria and the other producing the Archaea and later branching again to produce the eukaryotes. When full DNA sequences opened the way to comparing other kinds of genes, researchers expected that they would simply add detail to this tree. But “nothing could be further from the truth,” says Claire Fraser, head of The Institute for Genomic Research (TIGR) in Rockville, Maryland.

Instead, the comparisons have yielded many versions of the tree of life that differ from the rRNA tree and conflict with each other as well. […] And microbiologists' response to this confusion is equally varied […].

Some, pointing to evidence that microbes have swapped genes wantonly over evolutionary history, say that many of these genes are an unreliable guide to evolutionary history and the old RNA-based tree is still basically sound. But others think that it's time to uproot the old tree and are proposing candidates for new trees based on specific features of the genome and cell structure. And still others worry that gene swapping has turned the tree of life into a tangled briar whose lineages will be next to impossible to discern.'

Puigbò, P., Wolf, Y. I., & Koonin, E. V. (2010). The Tree and Net Components of Prokaryote Evolution. Genome Biology and Evolution, 2, 745–756.

Woese, C. (1998). The universal ancestor. Proceedings of the National Academy of Sciences, 95(12), 6854–6859.